熊本市には美術館や博物館がいくつかあり、観光ルートと合わせて巡るのもおすすめです。中央区古京町にある熊本博物館では、生物学、理工科学、地質学、考古学、歴史、民族などに関する幅広い資料が収蔵されています。ステゴドン象の実物大復元模型、五家荘ジオラマが見ものです。プラネタリウムも併設されています。営業時間は、9時から17時までです。JR熊本駅から出る市電やバスでアクセスできます。熊本県立美術館は、熊本城内の二の丸公園内にある総合美術館です。
古代から現代美術、考古、絵画、版画、彫刻、工芸、書蹟など幅広く収蔵されています。日本の美術の原点である装飾古墳室を常時観覧することができます。企画展、共催展、子供美術館、ミュージアムセミナーなどさまざまなイベントも行っています。営業時間は9時半から17時までです。JR熊本駅からの市電やバスでアクセスできます。中心市街地の複合ビルにある熊本市現代美術館は、九州で初めての現代美術館です。美術図書室のホームギャラリー、メディアギャラリー、子供用アトリエのキッズファクトリーなどの施設があります。営業時間は10時から20時です。JR熊本駅から市電でアクセスできます。